Под строительство детской больницы Решением Мосгорисполкома от 12.11.1965 г. № 46/28 предприятию п/я №125 «Московский завод полиметаллов» в поселке «Москворечье» был отведен земельный участок площадью 3,0 га.
В период с 1977 года по 1989 год Московским заводом полиметаллов на участке площадью 3,5 га была построена детская клиническая больница на 246 коек.
Приказом Министерства здравоохранения СССР от 17.04.1989 г. № 248 «О реорганизации детского отделения Клинической больницы №6 Минздрава СССР и детской поликлиники Клинической больницы №84 Минздрава СССР» организована Клиническая детская больница №38 Минздрава СССР. (в системе Третьего Главного управления при Минздраве СССР).
Приказом Минздрава СССР от 16.10.1990 г. № 407 ДКБ №38 включена в состав Центральной медико-санитарной части №11 Минздрава СССР.
Приказом Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при Минздраве РФ от 16.12.1992 г. №66з ДКБ №38 с 01 января 1993 года выведена из состава ЦМСЧ №11 и переименована в Детскую клиническую больницу №38 Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при Минздраве Российской Федерации.
Совместным решением Федерального управления Медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения и медицинской промышленности Российской Федерации (приказ от 12.04.1989 г. №11/13) и Постановлением Госкомимущества Российской Федерации от 13.04.1993 г. № 654-р учреждено Государственное учреждение здравоохранения «Детская клиническая больница №38 Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения и медицинской промышленности Российской Федерации».
На основании Распоряжения Госкомимущества России от 13.04.1994 г. № 654-Р передано с баланса МЗП на баланс Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения и медицинской промышленности РФ.
Приказом Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения Российской Федерации от 13.01.1998 г. №2з на базе ДКБ №38 организован Центр экологической педиатрии.
Распоряжением Префекта ЮАО от 18.05.2000 г. №01-41-365 утвержден юридический адрес Детской клинической больницы №38: Москва, ул. Москворечье дом 20.
Приказом Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения Российской Федерации от 15.08.2003 г. № 113з, переименовано в Федеральное государственное учреждение здравоохранения «Детская клиническая больница №38-Центр экологической педиатрии Федерального управления медико-биологических и экстремальных проблем при Министерстве здравоохранения Российской Федерации».
В соответствии с Указом Президента Российской Федерации от 11.10.2004 г. № 1304 «О федеральном медико-биологическом агентстве» и приказом Федерального медико-биологического агентства от 13.04.2005 г. № 29 переименовано в Федеральное государственное учреждение здравоохранения «Детская клиническая больница №38-Центр экологической педиатрии» Федерального медико-биологического агентства.
Распоряжением Правительства Российской Федерации от 06.01.2006 г. №2-р реорганизовано путем присоединения Федерального государственного учреждения здравоохранения «Детский санаторий «Истра», расположенного по адресу: 143520, Московская область, город Истра, п/о санаторий «Истра».
В соответствии с приказом ФМБА России от 24 мая 2011 года №160у Федеральное государственное учреждение здравоохранения «Детская клиническая больница №38-Центр экологической педиатрии» Федерального медико-биологического агентства переименовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Центральная детская клиническая больница Федерального медико-биологического агентства».
На основании приказа ФМБА России от 07.10.2020г. № 40у, Федеральное государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Центральная детская клиническая больница Федерального медико-биологического агентства» переименовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение «Федеральный научно-клинический центр детей и подростков Федерального медико-биологического агентства».